شهدت أزمة فيلم الملحد انفراجه كبيرة، بعد أن تم منعه من العرض من قبل الرقابة على المصنفات الفنية دون ذكر أسباب واضحة وراء هذا القرار، الأمر الذي أثار حالة من الغضب ما بين السينمائيين وصناع الفيلم والذين قد أعلنوا من قبل حصولهم على جميع التصاريح لطرحه في السينمات العربية والمصرية.
تم عرض الفيلم على لجنة من علماء الدين لمشاهدة الفيلم وإبداء الرأي النهائي فيه، ومن بين أعضاء هذه اللجنة الشيخ خالد الجندي عضو المجلس الأعلى للشؤون الإسلامية المصرية، وبعد فترة من المناقشات ما بين أعضاء اللجنة أصدرت بيانها بالموافقة على العرض بعض إحداث تغيرات فيه.
وكان من بين توصيات اللجنة هو تغيير اسم الفيلم، وحذف بعض المشاهد والعمل على توظيف البعض الآخر من أجل خدمة الفيلم بصورة صحيحة.
